在西游记之中比较神秘的一位神仙就是菩提师祖，身上有着许多的谜团，当年孙悟空在经历十年的磨难之后，才好不容易找到了菩提师祖，来到了方寸山。

面对孙悟空的时候也非常的热情，直接把孙悟空给迎进了洞，还给孙悟空起了名字，可是在整整7年之中却不教孙悟空任何的法术，也不教他一点点功夫，就只是让孙悟空去砍柴烧火，在之后孙悟空偷了烂桃山的桃子，后来老祖才传了孙悟空法术，但又拿出来了一些功夫，让孙悟空选。
孙悟空也算是好不容易才知道原来敲自己头，原来就是让自己半夜三更去偷偷的学法术，孙悟空也算是学到了长生不老术，也学会了七十二变以及筋斗云，但因为孙悟空比较调皮，在与师兄弟比试的时候，变成一个松树，被菩提老祖给撵下山。

并且告诉孙悟空，在以后不论发生何事都不准提自己的名字，但孙悟空后来却提了4次，都没有任何关系，还学会了长生不老之术，可是等回花果山去到阎王殿的时候，却发现只有342岁。
这些都是非常奇怪的事情，最奇怪的还是如来佛祖，都不知道菩提师祖的存在，所以关于菩提祖师的身份一直都是比较有争议的，有说是如来有说是太上老君，还有说是观音幻化的，但其实都不是的。菩提祖师是在方寸山，名字是斜月三星洞再加上他的名字，菩提本身就是有大智慧的意思，所以也证明了菩提祖师其实就是孙悟空的心头之师。

在原著之中还有一个证明，当时在第2回曾提到明星大法师，其实这是菩提祖师的另一个称号。也代表真心，真性不生不灭的本性，其实也代表了不忘初心。