当岩浆沿着地壳薄弱的裂缝喷出时，首先接触的是冰冷的海水。然而岩浆的温度超过900-1000摄氏度。在这种极端高温下，海水不仅不会熄灭岩浆，还会在岩浆的极热温度下，将附近海域的水温迅速加热到100摄氏度，直接沸腾”或蒸发”，形成沸腾的海水和蒸腾的水蒸气。
同时被海水部分冷却的岩浆会在外壳内形成玻璃状的岩石，这些玻璃状的外壳会被内部的高温迅速压碎，从而继续向外扩散。海底火山虽然可以造岛，但有些岛屿由于面积小、体积轻，在火山喷发停止后，会在海水侵蚀的作用下慢慢下沉，形成隐藏在海底的危险暗礁，对海洋航行构成极大威胁。一旦船只触礁，就会发生令人震惊的海难，造成无法挽回的生命和财产损失。
同时海底火山爆发往往不像陆地火山爆发那样容易预测和避免。一旦海底火山爆发，水面上的船只将面临巨大的航行障碍，在水汽和火山灰的雾气中迷失方向，从而增加了沉船的可能性。不仅如此，海底火山喷发还会造成附近海域的温度失衡，高温海水会使该海域生物被煮熟，导致生物大规模死亡，严重危及附近海域的生态平衡。同时，蒸发出来的水汽和热量也会影响当地的气候，导致气温升高，造成不可预知的后果。根据古生物学家的研究和推测，恐龙灭绝的部分原因可能是海底火山猛烈喷发引起的连锁反应，导致陆地气候的变化。
同时海底火山喷发往往伴随着剧烈的地质运动，容易引发海啸和地震。海面喷出的火山灰和浅海地区的熔岩、海水产生的气体烟雾具有腐蚀性，会导致一定程度的空气污染，威胁周围沿海地区的人类财产和生命安全。火山喷发还会形成一些人类难以感知的电磁声等放射性物质，不仅会对人体造成伤害，还会影响上方经过的飞机、船只等仪器失灵，导致事故灾难。
