在生物学上，正是因为动植物的欺骗性外表，科学家才走了很多弯路。 在成熟的 DNA 技术出现之前，科学家通常依靠动植物的外观及其解剖结构和习性来进行分类，这导致许多物种出现在错误的谱系上。 随着DNA技术的发展，许多物种在生命之树上的位置都得到了调整。
曾几何时，人类所属的灵长类动物被认为是蝙蝠的近亲，因为灵长类动物的骨骼和大脑与蝙蝠有一些相似之处。 然而，DNA 数据现在将我们置于一个包括啮齿动物和兔子的组中。 令人惊讶的是，蝙蝠与牛、马甚至犀牛的关系比与我们的关系更密切。在达尔文时代和 20 世纪的大部分时间里，科学家们只能通过观察植物和动物的结构和外观来绘制生命进化树的分支，根据被认为共同进化的相似性对生命形式进行分组。
大约三十年前，科学家们开始利用 DNA 数据在分子水平上构建新的生命之树。 基于DNA数据的生命之树与经典的生命之树有很大不同。 在经典的生命之树上，树懒和食蚁兽、犰狳、穿山甲，因为它们具有相同的解剖学学术特征。 新的生命树表明，这些特征在哺乳动物生命树的不同分支中独立进化——趋同进化。 事实证明，土豚与大象的关系更为密切，而穿山甲与猫和狗的关系更为密切。
达尔文和他的同时代人熟悉分类的另一个重要基础。 达尔文指出，似乎拥有最接近共同祖先的动植物往往在地理上更接近。 物种的位置是它们相互联系的另一个强有力的指标：生活在地理上接近的物种更有可能共享一个家谱。在一项新的研究中，科学家们首次交叉引用了一系列动植物的位置、DNA数据和外观，检查了包括蝙蝠、狗、猴子、 蜥蜴和松树。 与传统的进化图相比，基于 DNA 数据的生命进化树更可能匹配物种的位置。 研究表明，与通过 DNA 数据关联的物种相比，物种彼此靠近的可能性要小得多。
